En passant, il y a l'addon "Corrective Shape Keys" (inclut par défaut dans Blender, à activer manuellement) qui permet d'appliquer un mesh shape key déjà déformé par l'armature comme tu souhaites le faire (il recalcule les bonnes positions des vertices pour annuler le décalage de la déformation armature). https://docs.blender.org/manual/en/latest/addons/animation/corrective_shape_keys.html
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