Salut,
j'ai l'impression que tu navigues au radar sans savoir vers où te diriger, c'est pas évident

Je t'invite à chercher quelque chose comme
tileset iso dans ton moteur de recherche habituel, tu trouveras des exemples qui t'aideront à mieux définir ton problème. Tu trouveras aussi pas mal d'exemple sur
OpenGameArt.
Ensuite, essaye de produire une map toute simple en iso "pure" (juste des éléments 2d), ça ne devrait pas être très compliqué. Puis ajoute un ou deux éléments 3D (un perso, un coffre...), pas très compliqué non plus. Etc...
Bref, découpe ton problème complexe en plusieurs problèmes simples, regarde ce qui existe déjà, fais des essais pour développer une méthode, tu devrais déjà y voir plus clair
ps : Little Big Adventure
edit :
Blendman a bossé sur un jeu en 3D iso (pas avec le BGE mais les sprites sont faites avec Blender), il en a pas mal parlé sur le forum il y a quelques années. Il y a quelques infos sur
le site du jeu
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